最終的には医療分と介護分を合わせて、単年度収支は約4800億円の赤字（医療分約4600億円、介護分約200億円）、準備金残高は約3500億円の赤字（医療分約3300億円、介護分約200億円）となった。

　赤字の要因は景気後退による保険料収入の減少と保険給付費の増加。中小企業の給与が減り保険料収入が減少した影響は深刻で、赤字は政府管掌健康保険の時代を含めて3年連続。2008年度の2538億円から大幅に悪化した。

　収入の8割を占める保険料等交付金は6兆3392億円だった。準備金（積立金）は1339億円残っていたが全額崩しても足りず、3491億円の不足に陥った。協会は積立不足を12年度末までに解消する計画で、現在の保険料率の全国平均は過去最高の9.34％だが、11年度はさらに引き上げられる見通し。

　健康保険勘定の支出は8兆669億円となっており、内訳は保険給付費が4兆4,513億円（55.2％）、後期高齢者支援金等の拠出金が2兆8773億円（35.7％）、介護納付金が6,218億円（7.7％）など。

　同協会では、景気の見通しが厳しく、高齢化などの影響で医療費の伸びも急激に進んでいることなどから、「今後も引き続き厳しい財政運営が予想される」としている。決算案は今月26日の同協会運営委員会に報告され、同協会から厚生労働省へ承認申請される予定。

平成21年度全国健康保険協会決算（案）